Mykorrhiza ist nicht unüblich bei vielen Pflanzen, aber nur Orchideen haben sich zu einem Punkt spezialisiert bei dem sie sie zumindest im Jugendstadium brauchen. Später können sie in der Lage sein, ohne den Pilz zu leben oder je nach Art behalten sie ihn auch während ihres gesamten Lebens.
Im Gegensatz zu der ektotrophen Mykorrhiza von Bäumen oder anderen Pflanzen bei der die Pilzfäden nur die Oberfläche der Wurzelzellen bedecken, erlaubt die endotrophe Orchideenmykorrhiza den Pilzfäden in die Zellen einzudringen, wo Teile von ihnen von der Orchidee verdaut werden. Das Bild links zeigt die Infektion von Listera cordata durch einen Pilz, das rechte eine aktive Mykorrhiza bei Neottia nidus-avis. Wenn ein Pilz außer Kontrolle gerät, kann er die Orchidee vernichten, eine gute Ausgewogenheit ist daher lebenswichtig.